Thạch Bảo Khanh là một trong những ngôi sao sáng nhất của Thể Công-Viettel trong khoảng 20 năm trở lại đây. Sau khi Thể Công kết thúc sứ mệnh lịch sử, cầu thủ này thi đấu cho Hà Nội và có những thời khắc huy hoàng tại đây. Kết thúc sự nghiệp thi đấu, anh chuyển qua vai trò HLV với những nấc thang đầu tiên là tuyến trẻ Hà Nội và đã có được sự khẳng định về tên tuổi.
2 năm trước, HLV này bất ngờ tái ngộ với Viettel, đội bóng mà anh từng trưởng thành. Ngay sau khi trở lại mái nhà xưa, Bảo Khanh lập tức thể hiện được cái duyên khi cùng U21 Viettel vô địch giải U21 QG sau nhiều năm chờ đợi. Đây thực sự là thành quả mà nhiều người mơ ước và nó hứa hẹn như một cột mốc giúp HLV này có vai trò lớn hơn ở đội bóng áo đỏ.
Đầu mùa giải 2021, Thạch Bảo Khanh có mặt trong ban huấn luyện đội 1 Viettel. Đây được coi là tín hiệu để Viettel tạo nguồn về nhân sự. Ban lãnh đạo đội bóng muốn một ngày không xa, HLV này sẽ trở thành một biểu tượng mới. Thực tế là trong hơn một năm gắn bó, Thạch Bảo Khanh đã hỗ trợ đắc lực cho đàn anh Trương Việt Hoàng ở V.League 2021 (đứng vị trí thứ 2) và AFC Champions League. Tuy nhiên, điều không ngờ là ngay sau chiến thắng ấn tượng trước Cần Thơ ở vòng 1/8 Cúp QG, HLV này đã nói lời chia tay với đội bóng.
HLV Thạch Bảo Khanh không nói nguyên nhân khiến anh rời đội bóng mình coi là nhà. Tuy nhiên, HLV này vẫn hy vọng một ngày nào đó sẽ được trở lại Viettel. Anh cũng không giấu thông tin sẽ bước sang một vai trò mới, ở một môi trường mời. Và với những người am hiểu tình hình, khát vọng chính là lý do khiến Bảo Khanh chia tay Viettel. Anh muốn được thử sức ở một môi trường có nhiều áp lực hơn để thể hiện năng lực của mình.