“Tàu ngầm vàng” vốn dĩ chẳng hề có liên quan đến Villarreal. Thứ nhất, thị trấn công nghiệp nhỏ này không có bờ biển khi nằm cách Valencia một giờ lái xe về phía Đông Bắc. Thứ hai, tàu ngầm là thứ xa lạ ở Villarreal. Ở đây nổi tiếng nhất là sản xuất gốm sứ. Đó là lý do sân nhà của họ mang tên Ceramica (gốm sứ).
Biệt danh “Tàu ngầm vàng” thực tế ra đời vào mùa bóng 1967/68, khi Villarreal đang cạnh tranh gay gắt để giành quyền thăng hạng Ba (mãi đến mùa 1998/99 thì đội bóng này mới lên hạng Nhất).
Đó cũng là thời điểm ban nhạc The Beatles mới tung ra bản hit “Yellow Submarine” (Tàu ngầm vàng) làm khuấy đảo châu Âu. Những người Villarreal cũng bị ảnh hưởng bởi bài hát của nhóm tứ quái huyền thoại đến từ Liverpool.
Trong lễ ăn mừng chiếc vé thăng hạng Ba, các CĐV Villarreal đã hát vang bài “Yellow Submarine” nhưng chế lời thành “Amarillo el Submarino es / amarillo es / amarillo es” (Tàu ngầm màu vàng/Tàu ngầm màu vàng). Thời điểm đó Villarreal còn dùng áo đấu màu vàng và quần xanh lam. Niềm cảm hứng về sự tương đồng của màu vàng khiến các CĐV rất phấn khích khi hát “Yellow Submarine”.
Từ đó trở đi, “Yellow Submarine” trở thành biệt danh của đội bóng thuộc Valencia. Mãi đến mùa 2004/05 thì Villarreal mới chuyển sang dùng quần vàng để trở thành một “Tàu ngầm vàng” trọn vẹn.