Cherki nổi tiếng từ rất sớm với tư cách là một trong những tài năng trẻ xuất sắc nhất của lò đào tạo Lyon. Anh luôn được đôn lên đá với những cầu thủ hơn 2-3 tuổi. Tháng 9/2018, tại Champions League U19 châu Âu, Cherki trở thành cầu thủ trẻ nhất lịch sử giải đấu ghi bàn (vào lưới U19 Man City để U19 Lyon thắng 4-1) khi mới 15 tuổi 33 ngày. Chưa đầy 16 tuổi, Cherki được đôn lên đội 1 Lyon và ký hợp đồng chuyên nghiệp. Ở tuổi 16, anh có màn ra mắt Ligue 1 trong trận gặp Dijon rồi Champions League trong trận gặp Zenit.
Cứ thế, cho đến mùa 2020/21, Cherki là một trong những trụ cột của Lyon với 30 trận, 4 bàn thắng và 5 pha kiến tạo (đây là mùa Lyon không có vé dự các cúp châu Âu). Tuy nhiên, khi HLV Peter Bosz đến, Cherko không được ra sân thường xuyên (mới đá 13 trận tại Ligue 1 mùa này) và điều đó khiến anh không hài lòng, ngỏ ý muốn được ra đi với lãnh đạo Lyon ngay trong kỳ chuyển nhượng mùa Đông. Hiện tại, nhiều đội bóng châu Âu (Arsenal, Dortmund, Bayern) và Pháp (Nice, PSG, Monaco) đều rất muốn có tiền vệ 18 tuổi này. Mới đây, anh cũng tỏ rõ thái độ bằng việc từ chối gia hạn hợp đồng (còn thời hạn tới tháng 6/2023).
Lyon biết khó giữ chân Cherki nếu không để anh ra sân thường xuyên nên đã treo giá cầu thủ này 35 triệu euro.
