Những tranh cãi liên quan đến công tác trọng tài đã trở thành đề tài nóng trong những vòng đấu gần đây. Tại trận đấu giữa Bình Định gặp Thanh Hóa đã có ít nhất 2 pha bóng nhận được sự quan tâm đặc biệt. Ở phút bù giờ cuối hiệp 1, tiền đạo Santos đưa bóng vào lưới thủ môn Minh Hoàng bằng pha đánh đầu nhưng không được công nhận. Trọng tài Nguyễn Đình Thái cho rằng tiền đạo này phạm lỗi với hậu vệ đối phương trước khi có pha đánh đầu tung lưới Bình Định.
Đến phút 71, bảng tỷ số trận đấu đang là 1-1 đội khách Thanh Hoá có thêm một lần sút tung lưới đối phương nhưng không được trọng tài công nhận. Sau pha đánh đầu của Pinto khiến thủ môn Minh Hoàng bay người đẩy bóng và tiền vệ Văn Thắng băng vào đá bồi ở cự li gần nhưng trợ lý Lê Trần Nghĩa phất cờ báo lỗi việt vị. Bị tổ trọng tài từ chối 2 bàn thắng ở những thời điểm căng thẳng của trận đấu nên Thanh Hóa đã phản ứng.
Trao đổi với báo chí, Chủ tịch CLB Thanh Hóa Cao Tiến Đoan cho biết: “Khi trọng tài Nguyễn Đình Thái không công nhận cú đánh đầu của Santos là bàn thắng hợp lệ ở cuối hiệp 1, tôi có dặn anh em trong đội không được phản ứng thái quá, không được rủ nhau rời sân bỏ cuộc bởi như vậy là rất phản cảm, phi thể thao. Đến khi Văn Thắng sút tung lưới Bình Định ở phút 71, tiếp tục là trọng tài Đình Thái xua tay không công nhận, tôi ngồi trên khán đài sân Quy Nhơn vẫn cố gắng kiềm chế bản thân, và các thành viên của đội cũng quán triệt không được bỏ trận đấu. Tôi rất bực bởi trọng tài đã quyết định thiếu chính xác”.
Cũng theo lời ông Cao Tiến Đoan, sau khi trận đấu kết thúc, các thành viên BHL đã hội ý với ban lãnh đạo về những ý kiến xung quanh 2 pha bóng gây tranh cãi. “Chúng tôi sẽ có ý kiến bằng văn bản chính thức gửi các cơ quan chức năng. Thanh Hóa tham gia cuộc chơi với tinh thần fair-play, tôn trọng điều lệ giải và thời gian qua toàn bộ các cầu thủ đều quán triệt việc đá đẹp, đá cống hiến. Ban lãnh đạo cũng không tiếc tiền để đầu tư rất nhiều tiền của, công sức cho đội bóng nhưng rất không hài lòng về các quyết định của trọng tài trận đấu vừa qua đã ảnh hưởng đến kết quả chung cuộc”, ông Đoan nhấn mạnh.
Bình Định đã thắng nghẹt thở Thanh Hóa 2-1 ngay trên sân nhà Quy Nhơn. Cũng liên quan đến các trận đấu của Bình Định mùa này, đội bóng đất Võ từng được công nhận 1 bàn thắng không hợp lệ. Đó là trận Bình Định ngược dòng thắng TP.HCM 2-1 trên sân Thống Nhất ở vòng 12. Khi đó Xuân Nam dùng tay hất bóng cho Jermie Lynch gỡ hòa 1-1 ở phút 89, trước khi Hồ Tấn Tài ấn định tỷ số 2-1 phút bù giờ. Cũng trận này, trọng tài mắc lỗi, không công nhận một bàn thắng hợp lệ của TP. HCM khi đội bóng này đang dẫn 1-0, làm thay đổi cục diện trận đấu. Xa hơn là ở vòng 7, Xuân Nam dùng tay ghi bàn nhưng vẫn được công nhận trong trận hòa 1-1 với Sài Gòn FC. Sau trận đấu đó, trọng tài Nguyễn Ngọc Châu sẽ kỷ luật do làm ảnh hưởng kết quả trận đấu. Ban Trọng tài xác định ông Ngọc Châu không phát hiện được tiền đạo Nguyễn Xuân Nam ghi bàn bằng tay ở phút thứ 10.
