Hertha Berlin ra đời ngày 25/07/1892, từ ý tưởng của hai cặp anh em Fritz và Max Lindner, Otto và Willi Lorenz. CLB cần có một cái tên, và Fritz Lindner khi ấy vừa có một chuyến đi đáng nhớ trên sông Havel trên một con tàu hơi nước. Con tàu ấy có tên là “Hertha”, biến thể từ Nerthus – một vị thần trong thần thoại Đức và có ống khói mang màu xanh da trời, trắng và vàng. Vậy là đội bóng lấy luôn tên là Hertha, với trang phục truyền thống là xanh và trắng.
Hertha giành danh hiệu đầu tiên là chức vô địch Berlin năm 1906. Họ cũng vào đến bán kết giải VĐQG Đức năm đó, và để thua VFP Leipzig với tỷ số 2-3. Nhưng lần đầu tiên thế giới biết đến cái tên Hertha phải là sau chiến thắng lịch sử trước Southend United ngày 04/05/1910. Dù bị dẫn trước 1-0, Hertha đã ngược dòng thắng đối thủ Anh với tỷ số 3-1. Qua đó, họ đã trở thành đội bóng châu Âu đầu tiên đánh bại một đội bóng chuyên nghiệp đến từ quê hương của bóng đá.
Trong những ngày đầu của lịch sử, Hertha chọn Exerzierplatz làm sân nhà. Từ năm 1905 trở đi, họ thi đấu tại sân Behmstrasse, vốn thuộc sở hữu của nhà tài phiệt Joseph Schebera. Về sau, giữa hai bên bắt đầu xảy ra tranh chấp. Phải đến năm 1923, nhờ nguồn tài chính mới sau khi sáp nhập với CLB Berliner Sportclub, họ mới có tiền mua đứt mảnh đất này và xây sân mới Gesundbrunnen. Hertha đá trận đầu tiên của tại ngôi nhà của chính mình vào ngày 09/02/1924, trước đối thủ VfB Pankow.
Sự kiên nhẫn là một thứ rất xa xỉ trong bóng đá hiện đại. Nhưng các cầu thủ Hertha đã phải rất kiên trì mới có được chức vô địch Đức đầu tiên. Vì họ đã thua 4 trận chung kết liên tiếp từ 1926-1929, trước khi lần đầu đăng quang vào năm 1930 nhờ chiến thắng 5-4 trước Holstein Kiel. Một năm sau, Hertha bảo vệ thành công chức vô địch sau chiến thắng 3-2 trong trận chung kết với 1860 Munich, và đây vẫn là hai chức VĐQG duy nhất trong lịch sử CLB.
Gian lận tài chính giờ đã trở thành chuyện ai cũng biết nhưng không nói ra. Nhưng ở thời điểm năm 1965, nó là một chuyện cực kỳ kinh khủng. Ngày đó, kênh truyền hình ARD đưa tin: “LĐBĐ Đức (DFB) đã cử các kiểm toán viên tới Berlin, và họ phát hiện ra khoảng 190.000 Mark bị hô biến”. Số tiền thâm hụt vì những khoản chi ngoài sổ sách này đã khiến Hertha phải trả cái giá rất đắt là bị đánh tụt khỏi Bundesliga, chỉ 3 năm sau khi giải đấu ra đời.
Chỉ 3 năm sau khi giáng hạng, Hertha đã trở lại Bundesliga. Họ cán đích thứ ba vào các năm 1970 và 1971. Hertha thậm chí còn giành chiến thắng đậm nhất lịch sử CLB khi đè bẹp Dortmund 9-1 hồi tháng 4/1970, và lọt vào tứ kết Cúp C1 cùng năm đó. Nhưng tháng 6/1971, họ bất ngờ thua Bielefeld, đội đang có nguy cơ tụt hạng. Cuộc điều tra sau đó cho thấy, Bielefeld đã chi 250.000 Mark để “mua” đối thủ. Kết quả là 15 cầu thủ Hertha và HLV Wolfgang Holst cùng bị phạt.
Đây là giai đoạn đen tối nhất của bóng đá Berlin. Ở mùa 1985/86, Hertha và hai CLB cùng thành phố là Blau-Weiss 90 và Tennis Borussia cùng góp mặt ở giải Hạng Nhì. Sau đó 1 năm, Blau-Weiss thăng hạng Bundesliga trong khi bộ đôi còn lại tụt xuống giải Hạng Ba. Thay vì chơi trước hàng vạn CĐV ở sân Olympia, Hertha chỉ đá ở sân Poststadion trước… 2.000 khán giả. May mắn là giai đoạn đen tối này không kéo dài quá lâu, khi họ trở lại giải Hạng Hai sau 2 năm.
Năm 1990, Hertha trở lại Bundesliga chỉ để… tụt hạng sau đó 1 năm. Phải đến năm 1996, họ mới bắt đầu hồi sinh. HLV Juergen Roeber đã mất 2 năm để đưa ứng cử viên xuống hạng ở giải Hạng Hai trở lại ánh mặt trời Bundesliga. Còn sự xuất hiện của GĐĐH Dieter Hoeness thì tạo ra nền móng vững chắc, khi đội bóng tập trung cho công tác đào tạo trẻ và khôn ngoan hơn trên TTCN. Đỉnh cao của bộ đôi này là giúp Hertha góp mặt ở Champions League mùa 1999/2000.
Ngày 23/11/1999, đã có 60.000 CĐV tìm đến sân Olympia để chứng kiến một sự kiện trọng đại trong lịch sử CLB. Đó là ngày Hertha tiếp đón một Barca hùng mạnh với những ngôi sao như Pep Guardiola, Patrick Kluivert và Luis Figo trong khuôn khổ vòng bảng thứ hai của Champions League mùa 1999/2000. Trận đấu diễn ra trong sương mù ấy kết thúc với tỷ số hòa 1-1, và người ghi bàn cho Hertha là Kai Michalke. Mùa 1999/2000 cũng là lần gần nhất, họ góp mặt ở giải đấu số 1 châu Âu.
Tương lai của Hertha tưởng như đã chuyển sang một bước ngoặt mới vào tháng 6/2019. Đó là thời điểm Lars Windhorst mua lại cổ phần và bắt đầu đổ tiền đầu tư vào CLB. Tính đến hiện tại, triệu phú 45 tuổi này đã bơm tổng cộng 374 triệu euro cho Hertha với hy vọng đưa đội bóng thủ đô trở thành một quyền lực mới của nước Đức. Đến giờ, Windhorst vẫn chưa thành công với mục tiêu ấy. Nhưng ít nhất, ông đã biến Hertha thành một trong những đội bóng đáng xem nhất Bundesliga.